Melihat kepada situasi kebelakangan ini pelbagai permasalahan dalaman KUIN telah menjadi bualan umum dengan isu-isu yang berlaku seperti berikut :
- Kenaikan Yuran yang mendadak kepada pelajar Ijazah Pengajian Islam daripada RM 60 kepada RM 200 per/jam kredit
- Caj yang tidak masuk akal RM 25 kepada pemohon baru yang ingin menyemak status permohonan kemasukan.
- Wujudnya seorang yang telah dijatuhkan hukuman mahkamah kerana kesalahan berkaitan pengurusan kewangan dan beliau kini sedang berkhidmat di dalam Insaniah Holdings
- Masalah Kewangan sehingga pembayaran pembiyaan pinjaman bank, dan institusi kewangan yang telah dipotong daripada gaji staf tidak di buat berbulan-bulan.